במקביל לגל המעצרים שהתייקמו אמש בג'נין ובכפרים הסמוכים אליו, הרשות הפלסטינית איפשרה לפורעים ערבים להיכנס למתחם קבר יוסף הצדיק שבשכם ולהשחית כל אשר בעיניהם. בפורעים ניפצו את הנברשת במקום והציתו את חדר הקבר ואת החדרים שלידו.
שר הביטחון בני גנץ התייחס הבוקר להשחתה החמורה בקבר יוסף – בהודעה שהוציא ב-3 שפות (עברית, ערבית ואנגלית): "אירוע השחתת קבר יוסף הוא חמור ביותר. מדובר בפגיעה קשה בחופש הפולחן באחד המקומות הקדושים ביותר לכל יהודי, וברגשות העם היהודי כולו, דווקא בעיצומו של החג הקדוש למוסלמים.
ישראל תדאג לתקן את המתחם, להחזירו לקדמותו במהירות, ולפעול בכל האמצעים כדי שמקרה כזה לא יחזור".
"לצד זאת", הוסיף שר הביטחון, "העברתי הבוקר מסר חריף לרשות הפלסטינית – שנדרשת לתגבר את הכוחות שלה במקום באופן מיידי, ולפעול מול הפורעים והמחבלים שפוגעים ביציבות, בביטחון ובמקומות הקדושים".
על ההשחתה המסיבית במקום הגיבו בזעם בציבור הישראלי, בראשם חבר הכנסת איתמר בן גביר שאמר: "ראש הנחש הם אנשי הרש"פ שמחממים, מסיתים שותפים פעילים בטרור ופוגעים בקודשי ישראל. אם הייתה ממשלה בישראל היא הייתה צריכה לצאת למבצע ענק בתוך שטחי הרש"פ ולמחוק את ממשלת אבו מאזן- ממשלה של מחבלים טרוריסטים ששופכים דם יהודי ופוגעים בקודשי ישראל".
גם ראש מועצת שומרון, יוסי דגן, הגיב על ההצתה המזעזעת ואמר: "זהו מעשה שאין יהודי שלא יזדעזע ממנו, הרס אחד המקומות הקדושים לעם היהודי, רגע לפני חג הפסח חג החירות, דבר שקורה אך ורק משום שמדינת ישראל הפקירה את אחד המקומות הקדושים לעם היהודי "לשמירתה" של הרשות הפלסטינית העבריינית. אנחנו דורשים להחזיר לאלתר את צה"ל לקבר יוסף, על עם ישראל במדינתו הריבונית לשמור על קודשיו"
הוא הוסיף: "את המעשה שנעשה הלילה על כל בן תרבות לגנות, זוהי פגיעה לא רק בנכס צאן ברזל של העם היהודי אלא פגיעה באתר היסטורי בן אלפי שנים. על מדינת ישראל להחזיר את צה"ל למקום ואת ישיבת עוד יוסף חי. פעם נוספת הברברים מהרשות הפלסטינית מראים את פרצופם האמיתי: דאעש. הרשות הפלסטינית היא משענת קנה רצוץ במקרה הטוב והגורם לטרור בכל רחבי הארץ ולברבריות בקבר יוסף כפי שאנחנו רואים עכשיו פעם נוספת".
בתגובת מועצת יש״ע להשחתת קבר יוסף נמסר: "ההשחתה הלילה של קבר יוסף היא עוד חציית קו אדום המעידה על רמה שפלה של אלימות ערבית ואיבוד ההרתעה מצידם. אנחנו מזועזעים מהמקרה ודורשים גינוי חריף מכל הגורמים המדיניים. צה״ל חייב לחזור לאתר קבר יוסף ולשמור על המקום הקדוש".